Одна из распространённых проблем NGS — примеси чужеродной ДНК в образцах, приводящие к ложным результатам. Контаминация может возникнуть на преаналитическом и аналитическом этапах: от подготовки биоматериала до секвенирования. В результате в данных появляются чужеродные аллели, искажающие результаты анализа.
Источниками истинной контаминации могут быть геномная ДНК другого образца и ампликоны предыдущих постановок.
Для установления контаминации в наших продуктах применяются биологические идентификаторы (BIDs). Это 13 высокополиморфных регионов генома человека. Биологические образцы (за исключением монозиготных близнецов и близких родственников) имеют уникальные гаплотипы по данным регионам. Определение гаплотипа по биологическим идентификаторам позволяет не только обнаружить контаминацию, но и определить пол человека, от которого был взят образец, а также соотносить между собой образцы одного пациента.
Источниками истинной контаминации могут быть геномная ДНК другого образца и ампликоны предыдущих постановок.
Для установления контаминации в наших продуктах применяются биологические идентификаторы (BIDs). Это 13 высокополиморфных регионов генома человека. Биологические образцы (за исключением монозиготных близнецов и близких родственников) имеют уникальные гаплотипы по данным регионам. Определение гаплотипа по биологическим идентификаторам позволяет не только обнаружить контаминацию, но и определить пол человека, от которого был взят образец, а также соотносить между собой образцы одного пациента.
Рисунок 1. Пример результата анализа контаминированного образца в ПО OncoScope™ Software.
Систематические ошибки секвенирования и использование поврежденной ДНК могут давать картину ложной контаминации. Ошибки секвенирования выявляются в процессе клинической валидации пайплайнов и нивелируются при выдаче результатов. Повреждения ДНК, которые могут возникнуть из-за химических или физических воздействий (фиксация образца в формалине для приготовления FFPE-блока, УФ-облучение), являются собственной характеристикой образца. Артефакты возникают не только в последовательностях биологических идентификаторов, но и в целевых регионах генома. Поэтому результаты, полученные на поврежденной матрице ДНК, могут быть недостоверными, несмотря на отсутствие истинной контаминации. Рекомендуется подтвердить результат анализа на более сохранном материале.
Отметим, что разные аллели имеют разную эффективность амплификации, поэтому представленность примесных прочтений не строго коррелирует с долей примесной ДНК в образце.
Контаминация – блокирующая метрика контроля качества, результаты образцов с подозрением на контаминацию не пригодны для интерпретации. Чтобы предотвратить такие проблемы нужно тщательно контролировать чистоту образцов и организовывать работу лаборатории так, чтобы риски кросс-контаминации были минимальны. Например, можно руководствоваться МУ 1.3.2569-09.
Отметим, что разные аллели имеют разную эффективность амплификации, поэтому представленность примесных прочтений не строго коррелирует с долей примесной ДНК в образце.
Контаминация – блокирующая метрика контроля качества, результаты образцов с подозрением на контаминацию не пригодны для интерпретации. Чтобы предотвратить такие проблемы нужно тщательно контролировать чистоту образцов и организовывать работу лаборатории так, чтобы риски кросс-контаминации были минимальны. Например, можно руководствоваться МУ 1.3.2569-09.