Что такое и чем опасен Strand Bias

Strand Bias (SB) – это ситуация когда при высокопроизводительном секвенировании мы получаем неравное число прочтений с «плюс» и «минус» цепи для конкретной позиции.

Недостаточное число прочтений или отсутствие прочтений с одной цепей не позволяет нам отличить истинный вариант от ошибки секвенирования.

Опасность SB в получении ложноположительных или ложноотрицательных результатов.

SB возникает как при таргетном, так и при полногеномном секвенировании.

Пример SB в сиквенсе

Наглядный пример – регион chr21:7,774,473-7,776,655 генома NIST8398 из проекта Genome in a Bottle (https://jimb.stanford.edu/giab-resources).

Регионы со Strand Bias в сиквенсе референсного образца NIST8398. 

Вероятно, при подготовке полногеномной библиотеки этот участок был недостаточно расщеплен. Были получены фрагменты длинной до 1111 п.н., что при парноконцевом прочтении 150 + 150 привело к SB.

Парноконцевые прочтения длиной 150 п.н. не перекрывают фрагменты ДНК более 1000 п.н. Возникает протяженный регион SB.

Более подробно о том почему возникает и какие ошибки скрывает SB в следующих публикациях.