Как возникает Strand Bias?

Strand Bias (SB) отсутствует если целевой регион полностью перекрыт прочтениями с обеих цепей. А возникает из-за несоответствия длины прочтения длине читаемого фрагмента ДНК.

Это происходит на этапе секвенирования при:

Установке длинны прочтения меньше длины библиотеки.

Доля SB будет тем выше, чем короче прочтения. Чтобы избежать SB при выборе длины прочтения следуйте правилу - длина прочтения должна быть не меньше длины секвенируемого фрагмента ДНК. Частным случаем такой ситуации является неравномерная фрагментация исходной ДНК - полученная библиотека оказывается длиннее прочтений.

Уменьшение длины прочтения на 1/3 от длины целевого региона привело к возникновению SB на протяжении 2/3 сиквенса.

Остановке полимераз на сложных мотивах.

В литературе описаны случаи, когда происходит остановка полимераз, участвующих непосредственно в секвенировании, на сложных мотивах (Nakamura et al., 2011; Allhoff et al., 2013). В такой ситуации «обрыв» прочтения для разных кластеров может происходить в близких, но не идентичных местах. Для разных позиций начиная со сложного мотива может быть разный SB.

В некоторых случаях сложные для прочтения регионы приводят к полному отсутствию прочтений в одном из направлений. Такие регионы выявляются при валидации панелей.