Основное внимание конференции ФизтехБио в 2015 году уделено вопросам предоставления возможностей для междисциплинарных исследований, а также проектам, использующим разные области знаний на стыке математики и биологии, физики и химии, робототехники и медицины.
Научная часть конференции построена вокруг следующих тематических сессий:
- биофизика;
- разработка инновационных лекарственных препаратов;
- высокопроизводительное секвенирование и анализ геномных данных;
- IT в медицине и медицинское приборостроение;
- агробиотехнологии;
- нейронауки.
В рамках сессии «Высокопроизводительное секвенирование и анализ геномных данных» от компании Parseq Lab с докладом «Комплексный подход к разработке и внедрению высокопроизводительных методов анализа в клинической генодиагностике» выступит Ирина Борейшо.
Тема доклада актуальна, поскольку специалисты в области современной науки, использующие высокоэффективные методы получения данных (секвенирование нового поколения), работают с терабайтами данных.
В этой связи решение о том, какие алгоритмы и программы использовать для анализа данных, а также какие выбрать программно-аппаратные средства менеджмента и хранения геномных данных, коллегиально принимают как биологи и медики, так и специалисты по работе с большими данными и инженеры-разработчики.
Компьютерное оборудование, поставляемое в комплекте с секвенаторами, по объему памяти и параметрам надежности не подходит для длительного хранения геномных данных, а предназначено лишь для оперативного просмотра и первичной обработки данных, полученных в результате запуска прибора.
Использование облачных сервисов — одно из возможных решений проблемы, но возникают технические вопросы, связанные с передачей больших объемов информации и отсутствием полного контроля над политиками безопасности. Кроме того, в связи с вступившими в силу дополнениями к закону о защите персональных данных, использование иностранных облачных сервисов при проведении биомедицинских исследований ограничено.
Альтернатива — создание собственных вычислительных мощностей для работы с «большими данными». Подробно о таких разработках будет рассказано в докладе: разработанные в Parseq Lab аппаратно-программные комплексы предназначены для длительного хранения и локального анализа геномных данных, а также записи и хранения метаданных (например, информации о версиях и настройках использованных инструментов анализа).
Результаты секвенирования, используемые в медицинских целях, должны легко прослеживаться: т. е. связь между данными, полученными на выходе с прибора и медицинским заключением, сделанным на основании их обработки должна быть очевидна. Правильность конечного результата исследования напрямую связана с типом инструментов, используемых на каждом из промежуточных этапов и с применяемыми настройками. Прослеживаемость данных позволит обнаружить источник проблем в случае их возникновения.
Место проведения: Московский физико-технический институт (МФТИ) МО,
г. Долгопрудный, Институтский пер., д. 9