Выбор темы обусловлен тем, что муковисцидоз — частое наследственное заболевание, ранняя и точная диагностика которого помогает своевременно назначить правильную терапию. ДНК-диагностика не обязательна, но желательна, особенно в случае наличия муковисцидоза в семейном анамнезе, что позволяет снизить риск рождения больного ребенка.
Молекулярная диагностика муковисцидоза состоит в идентификации мутаций в гене CFTR и может проводиться разными методами, направленными как на выявление группы ранее известных мутаций: ПЦР, microarray и другими, так и на выявление широкого спектра мутаций, в том числе ранее неизвестных: секвенированием по Сангеру и с помощью технологии высокопроизводительного секвенирования (NGS/MPS).
Технологии высокопроизводительного секвенирования (NGS/MPS) позволяют детектировать широкий спектр известных мутаций, а также обнаруживать ранее неизвестные генетические варианты, включая вариации копийности. На данный момент известно более 2000 мутаций, вызывающих заболевание, однако количество клинически значимых в разных источниках варьируюет.
В статье рассматриваются результаты расширенной ДНК-диагностики группы пациентов с помощью тест-системы VariFind™ Neoscreen assay, разработанной в Parseq Lab. Тест-система позволяет идентифицировать 580 известных точковых мутаций в генах CFTR, PAH и GALT, обнаруживать распространенную крупную делецию CFTRdele2,3 в гене CFTR, а также выявлять ранее не известные и de novo мутации в таргетных регионах.
Важно отметить, что первичная ДНК-диагностика с использованием специфических панелей на частые мутации не дала оснований
для постановки генетического и подтверждения клинического диагноза, в то время как расширенная ДНК-диагностика тест-системой VariFind™ Neoscreen assay как второй этап после отрицательного результата при тестировании на частые мутации зарекомендовала себя как целесообразный и эффективный инструмент подтверждающей молекулярной диагностики в сложных случаях, когда рутинные методы оказались неинформативны.
Описанный в статье опыт успешного применения тест-системы открывает перспективы внедрения технологий высокопроизводительного секвенирования в рутинную клиническую практику.