В процессе создания кастомных панелей важно правильно подобрать режим секвенирования библиотек. Это решение напрямую влияет на качество данных и эффективность вашего исследования.
При подготовке библиотек к обоим концам фрагмента ДНК присоединяются платформенные адаптеры. Большинство современных NGS-секвенаторов позволяет считывать данные с каждого из них, предлагая два основных режима:
При подготовке библиотек к обоим концам фрагмента ДНК присоединяются платформенные адаптеры. Большинство современных NGS-секвенаторов позволяет считывать данные с каждого из них, предлагая два основных режима:
SE и PE чтения: в чем разница?
🔹SE (Single-End)
Одноконцевое прочтение предполагает, что фрагмент ДНК секвенируется только в одном направлении.
Такое чтение чаще применяют для задач, которые допускают меньшее количество и качество данных с целью экономии средств и вычислительных мощностей.
🔹PE (Paired-End)
Двустороннее прочтение обеспечивает секвенирование ДНК-фрагмента с обоих концов. Этот режим дает больше информации о структуре и длине фрагмента. Поскольку оба рида принадлежат одной молекуле и секвенируются независимо, PE-чтение позволяет установить взаимное расположение ридов, даже если середина фрагмента не была секвенирована. Это делает PE-чтение более информативным для сложных задач.
Режимы чтения и совместимость с платформами
Сегодня на рынке представлены расходные материалы для NGS-секвенаторов, которые позволяют подобрать удобный режим чтения под ваш эксперимент. Протоколы Parseq Lab подходят для подготовки библиотек для трех основных платформ: Illumina, MGI, Thermo Fisher Scientific.
Особенностью подхода Parseq Lab является универсальность: прочтения включают данные как со смысловой, так и с антисмысловой цепей ДНК. Это делает пробоподготовку Prep&SeqТМ от Parseq lab универсальной для любого выбранного режима секвенирования.
Как выбрать оптимальный режим?
При дизайне кастомной панели следует отталкиваться от длины целевого ампликона и доступной химии для секвенирования.
Важно помнить: длина ампликона не должна превышать длину прочтения. Это гарантирует получение корректных данных и минимизирует ошибки анализа. Подробнее о влиянии длины прочтения можно узнать в нашем блоге.
🔹SE (Single-End)
Одноконцевое прочтение предполагает, что фрагмент ДНК секвенируется только в одном направлении.
Такое чтение чаще применяют для задач, которые допускают меньшее количество и качество данных с целью экономии средств и вычислительных мощностей.
🔹PE (Paired-End)
Двустороннее прочтение обеспечивает секвенирование ДНК-фрагмента с обоих концов. Этот режим дает больше информации о структуре и длине фрагмента. Поскольку оба рида принадлежат одной молекуле и секвенируются независимо, PE-чтение позволяет установить взаимное расположение ридов, даже если середина фрагмента не была секвенирована. Это делает PE-чтение более информативным для сложных задач.
Режимы чтения и совместимость с платформами
Сегодня на рынке представлены расходные материалы для NGS-секвенаторов, которые позволяют подобрать удобный режим чтения под ваш эксперимент. Протоколы Parseq Lab подходят для подготовки библиотек для трех основных платформ: Illumina, MGI, Thermo Fisher Scientific.
Особенностью подхода Parseq Lab является универсальность: прочтения включают данные как со смысловой, так и с антисмысловой цепей ДНК. Это делает пробоподготовку Prep&SeqТМ от Parseq lab универсальной для любого выбранного режима секвенирования.
Как выбрать оптимальный режим?
При дизайне кастомной панели следует отталкиваться от длины целевого ампликона и доступной химии для секвенирования.
Важно помнить: длина ампликона не должна превышать длину прочтения. Это гарантирует получение корректных данных и минимизирует ошибки анализа. Подробнее о влиянии длины прочтения можно узнать в нашем блоге.
Как мы можем помочь?
Мы предлагаем помощь в дизайне кастомных панелей и подборе оптимальных решений для ваших исследований. Заполните анкету-заявку на дизайн панели, и наша команда свяжется с вами, чтобы ответить на любые вопросы и предложить лучшее решение.
С Parseq Lab вы получите надежные инструменты для ваших научных и диагностических проектов!
Мы предлагаем помощь в дизайне кастомных панелей и подборе оптимальных решений для ваших исследований. Заполните анкету-заявку на дизайн панели, и наша команда свяжется с вами, чтобы ответить на любые вопросы и предложить лучшее решение.
С Parseq Lab вы получите надежные инструменты для ваших научных и диагностических проектов!