FFPE образцы (фиксированные формалином и заключенные в парафин) представляют собой ценный ресурс для исследований в молекулярной биологии и патологии. Однако перед их использованием в молекулярных исследованиях необходимо провести депарафинизацию — удаление парафина для выделения ДНК или РНК. Для этого применяют три основных метода: тепло, минеральное масло и ксилол, каждый из которых имеет свои преимущества в зависимости от условий и требований анализа.
Использование тепла
Депарафинизация с использованием тепла включает нагревание FFPE срезов до температуры 60-65°C, при которой парафин плавится и отделяется от ткани.
Преимущества использования тепла:
Недостатки использования тепла:
Применение минерального масла
Минеральное масло используется для улучшения процесса депарафинизации, так как оно снижает температуру плавления парафина и помогает эффективнее разделить парафин и ткань.
Преимущества использования минерального масла:
Недостатки использования минерального масла:
Использование ксилола
Ксилол является органическим растворителем, который широко используется для депарафинизации FFPE образцов. Он растворяет парафин, позволяя эффективно отделить его от ткани.
Преимущества использования ксилола:
Недостатки использования ксилола:
Выбор метода депарафинизации FFPE образцов зависит от многих факторов. Использование тепла, минерального масла или ксилола имеет свои преимущества и недостатки. Лабораториям важно учитывать особенности каждого метода и сопоставлять их с целями для достижения наилучших результатов при выделении нуклеиновых кислот.
Эти методы можно комбинировать
В наборах PureCode™ используется метод тепловой депарафинизации, как максимально удобный пользователю.
Использование тепла
Депарафинизация с использованием тепла включает нагревание FFPE срезов до температуры 60-65°C, при которой парафин плавится и отделяется от ткани.
Преимущества использования тепла:
- Скорость и простота: быстрая депарафинизация без необходимости использования дополнительных реагентов.
- Подходит для рутинного использования: идеально для лабораторий, которым требуется обрабатывать большое количество образцов в короткие сроки.
Недостатки использования тепла:
- Риск деградации ДНК: при недостаточном контроле температуры возможно ухудшение состояния ДНК и, особенно, РНК, что снижает их качество для последующих анализов.
Применение минерального масла
Минеральное масло используется для улучшения процесса депарафинизации, так как оно снижает температуру плавления парафина и помогает эффективнее разделить парафин и ткань.
Преимущества использования минерального масла:
- Сохранение качества: минеральное масло защищает ДНК от окисления и деградации, обеспечивая более высокое качество выделенного материала.
- Эффективность для плотных образцов: этот метод особенно полезен для образцов, где парафин глубоко проникает в ткань.
Недостатки использования минерального масла:
- Более сложная процедура: метод требует дополнительных шагов и контроля, что может удлинять процесс депарафинизации.
- Трудоемкость: работа с минеральным маслом может требовать более тщательной очистки образцов перед последующими анализами.
Использование ксилола
Ксилол является органическим растворителем, который широко используется для депарафинизации FFPE образцов. Он растворяет парафин, позволяя эффективно отделить его от ткани.
Преимущества использования ксилола:
- Высокая эффективность: ксилол отлично растворяет парафин, что делает его надежным методом для депарафинизации даже для плотных и труднообрабатываемых образцов.
Недостатки использования ксилола:
- Токсичность: ксилол является токсичным и требует осторожного обращения и работы только в помещениях с принудительной вентиляцией.
- Остаточные следы растворителя: после депарафинизации может потребоваться дополнительная очистка образцов от остатков ксилола.
- Опасность для окружающей среды: Работа с ксилолом требует соблюдения строгих экологических норм и утилизации, что увеличивает общие затраты на лабораторные процессы.
Выбор метода депарафинизации FFPE образцов зависит от многих факторов. Использование тепла, минерального масла или ксилола имеет свои преимущества и недостатки. Лабораториям важно учитывать особенности каждого метода и сопоставлять их с целями для достижения наилучших результатов при выделении нуклеиновых кислот.
Эти методы можно комбинировать
В наборах PureCode™ используется метод тепловой депарафинизации, как максимально удобный пользователю.