Диагностика и скрининг носительства муковисцидоза
Тест-системы для HLA-типирования
Тест-системы для онкологии
Наборы для выделения ДНК и РНК
Модульная подготовка библиотек
О нас
Мы занимаемся разработкой и производством тест- систем для высокопроизводительного секвенирования (NGS).
Компания была основана в 2014 году и объединила в себе молекулярных биологов, медицинских генетиков, инженеров, биоинформатиков, программистов для создания полных, комплексных решений.
Компания была основана в 2014 году и объединила в себе молекулярных биологов, медицинских генетиков, инженеров, биоинформатиков, программистов для создания полных, комплексных решений.
Parseq Lab разрабатывает, производит, поставляет и внедряет:
Диагностические и научные NGS тест-системы
Реагенты для подготовки NGS библиотек
Программное обеспечение для анализа данных
Parseq Lab предлагает системный подход к геномным исследованиям для повышения точности и эффективности ваших исследований.
Наша команда
Группа молекулярных биологов занимается полным циклом разработки от идеи до готового продукта — реагента или набора реагентов с комплектом пользовательской и производственной документации. Также лаборатория консультирует и обучает пользователей на нашей лабораторной базе.
Лаборатория
Группа молекулярных биологов занимается полным циклом разработки от идеи до готового продукта — реагента или набора реагентов с комплектом пользовательской и производственной документации. Также лаборатория консультирует и обучает пользователей на нашей лабораторной базе.
Лаборатория
Группа находится на стыке молекулярной биологии и IT.
В задачи группы входит:
В задачи группы входит:
Биомедицинская аналитика (БМА)
- разработка алгоритмов и инструментов анализа данных;
- сборка и масштабирование пайплайнов;
- разработка методов оценки качества данных, отражающих особенности лабораторных этапов;
- аналитическая и клиническая валидация лабораторных протоколов и связанных с ними методов анализа данных;
- разработка технической и пользовательской документации.
В мультидисциплинарную команду БМА входят молекулярные биологи, генетики, математики и программисты. Это позволяет на глубоком уровне понять клиническую задачу и найти оптимальный способ обработки данных в каждом конкретном случае.
Программисты разрабатывают программное обеспечение для анализа данных новых панелей, делая акцент на понятный пользователю интерфейс, и осуществляет поддержку уже выпущенных программных продуктов. Для экономии вычислительных мощностей пользователей мы используем дата-центры, расположенные в России, сертифицированные в соответствии с Федеральным законом «О персональных данных» от 27.07.2006 г. № 152-ФЗ и применяем безопасные протоколы передачи данных для сохранности информации.
Разработка программного обеспечения
На базе документов, полученных от R&D лаборатории, по новому продукту инженеры готовят технические условия (ТУ), и запускается процесс производства. Группа проводит трехэтапный контроль качества — контроль качества сырья, полупродуктов и готовой продукции. После прохождения аттестации выпускается паспорт качества.
На производстве установлены современные лабораторные роботы Beckman Coulter, использование которых позволяет нам обеспечивать значительные производственные мощности при высокой точности дозирования.
На производстве установлены современные лабораторные роботы Beckman Coulter, использование которых позволяет нам обеспечивать значительные производственные мощности при высокой точности дозирования.
Наши достижения
Мы - первая в России компания, реализовавшая полный цикл создания наборов для таргетного высокопроизводительного секвенирования (NGS): от дизайна панелей до анализа данных в собственном ПО.
У нас собственное современное роботизированное производство в Санкт-Петербурге.
В компании разработана и внедрена методика многоэтапной валидации продуктов с использованием международных референсных стандартов (NIST).
Используя наш набор PARallele™ HLA solution, одна из российских государственных лабораторий первой в России получила аккредитацию Европейской Федерации Иммуногенетиков (EFI) для HLA-типирования методом высокопроизводительного секвенирования (NGS).
Более 40 новых аллелей HLA, найденных с помощью тест-системы PARallele™ HLA solution, зарегистрировано в международной базе IPD/IMGT-HLA (ВОЗ).
Мы получили первое регистрационное удостоверение РЗН на тест-систему, основанную на методе высокопроизводительного секвенирования (NGS).
Открытые ресурсы
- SeqDB LOVDSeqDB LOVD — общедоступная специализированная база данных, которая содержит информацию о клинической значимости вариантов в гене CFTR.
База создана Parseq Lab совместно с Медико-генетическим научным центром (МГНЦ, Москва) и курируется профильными специалистами. Ресурс помогает российским врачам-генетикам в интерпретации результатов генетического тестирования на муковисцидоз, проводимого как методом высокопроизводительного анализа генома (MPS/NGS), так и обычными тест-системами. База рекомендована Российским Национальным консенсусом «Муковисцидоз: определение, диагностические критерии, терапия» [Капранов Н.И. и др., 2016]. - СONVectorПрограмма для поиска структурных вариантов в данных таргетного секвенирования, которая позволяет проводить поиск делеций и инсерций.
Новый метод и инструмент на его основе подробно описан в статье в BMC Bioinformatics.
Код находится в открытом доступе (лицензия GNU GPL 2.0), описание в GitHub.
- NovATNovAT — открытое веб-приложение для идентификации новых HLA-аллелей по данным NGS в наиболее релевантных генах HLA классов I и II. Инструмент также можно использовать для автоматической оценки качества данных. Программное обеспечение валидировано на 330 аллелях. Результаты согласуются с ортогональными методами.
Более подробно в статье — NovAT tool—Reliable novel HLA alleles identification from next-generation sequencing data - Курс «Управление вычислениями» на StepikОнлайн-курс, созданный совместно с Институтом биоинформатики на образовательной платформе Stepik, посвящен изучению инструментария для работы с данными и автоматизации анализа.
Дедлайнов нет, все лекции и задачи доступны для свободного прохождения, решения проверяются автоматически. Курс входит в онлайн-программу «Анализ данных».
Ссылка на курс.
Наши публикации
1. Smirnova D, Loginova M, Druzhinina S, Paramonov I, Abramova A, Simakova T. Distributions of HLA-A, -B, -C, -DRB1 and -DQB1 alleles typed by next generation sequencing in Russian volunteer donors. HLA. 2023 Jun;101(6):623-633. doi: 10.1111/tan.15007. Epub 2023 Mar 3. PMID: 36825428.
2.Stanevich OV, Alekseeva EI, Sergeeva M, Fadeev AV, Komissarova KS, Ivanova AA, Simakova TS, Vasilyev KA, Shurygina AP, Stukova MA, Safina KR, Nabieva ER, Garushyants SK, Klink GV, Bakin EA, Zabutova JV, Kholodnaia AN, Lukina OV, Skorokhod IA, Ryabchikova VV, Medvedeva NV, Lioznov DA, Danilenko DM, Chudakov DM, Komissarov AB, Bazykin GA. SARS-CoV-2 escape from cytotoxic T cells during long-term COVID-19. Nat Commun. 2023 Jan;14(1) 149. doi:10.1038/s41467-022-34033-x. PMID: 36627290; PMCID: PMC9831376.
3. Simakova T, Suvorova A, Krivonosova K, Abramova A, Loginova M, Paramonov I. NovAT tool-Reliable novel HLA alleles identification from next-generation sequencing data. HLA. 2022 Jan;99(1):3-11. doi: 10.1111/tan.14491. Epub 2021 Nov 25. PMID: 34791827.
2.Stanevich OV, Alekseeva EI, Sergeeva M, Fadeev AV, Komissarova KS, Ivanova AA, Simakova TS, Vasilyev KA, Shurygina AP, Stukova MA, Safina KR, Nabieva ER, Garushyants SK, Klink GV, Bakin EA, Zabutova JV, Kholodnaia AN, Lukina OV, Skorokhod IA, Ryabchikova VV, Medvedeva NV, Lioznov DA, Danilenko DM, Chudakov DM, Komissarov AB, Bazykin GA. SARS-CoV-2 escape from cytotoxic T cells during long-term COVID-19. Nat Commun. 2023 Jan;14(1) 149. doi:10.1038/s41467-022-34033-x. PMID: 36627290; PMCID: PMC9831376.
3. Simakova T, Suvorova A, Krivonosova K, Abramova A, Loginova M, Paramonov I. NovAT tool-Reliable novel HLA alleles identification from next-generation sequencing data. HLA. 2022 Jan;99(1):3-11. doi: 10.1111/tan.14491. Epub 2021 Nov 25. PMID: 34791827.
4. Loginova M, Pavlov A, Zaytseva M, Simakova T, Paramonov I. Descriptionof four new HLA alleles: HLA-A*01:288,-A*02:06:23,-A*32:121and RB1*07:100. HLA.2019;93:220−221. https://doi.org/10.1111/tan.13 486
5. Loginova M, Zakharova V, Pavlov A, Simakova T, Paramonov I. Identification of the novel HLA-C*02:151allele in Russian bone mar-row donors. HLA. 2019;93:124−125.https://doi.org/10.1111/tan.13 462
6. Национальный консенсус (2 -е издание) «Муковисцидоз: определение, диагностические критерии, терапия» 2018/ Под редакцией Е. И. Кондратьевой, Н. Ю. Каширской, Н. И. Капранова — М.: ООО «Компания БОРГЕС»., 2018
7. Логинова М. А., Павлов А. Е., Зайцева М. А., Симакова Т. С., Пильщикова Н. С., Парамонов И. В. Разработка и верификация тест-системы для высокопроизводительного HLA-генотипирования потенциальных доноров гемопоэтических стволовых клеток. Клиническая лабораторная диагностика. 2018; 63 (12): 788−792. DOI: dx.doi.org/10.18 821/0869−2084−2018−63−12- 788−792
8. Симакова Т. С., Брагин А. Г., Глушкова М. А., Петрова Н. В., Поляков А. В., Кондратьева Е. И., Шерман В. Д., Павлов А. Е. Опыт применения таргетного секвенирования для молекулярной диагностики муковисцидоза. Клиническая лабораторная диагностика. 2017; 62 (5): 305−309. DOI: dx.doi.org/10.18 821/0869−2084−2017−62−5-305−309
9. Национальный консенсус (1 -е издание) «Муковисцидоз: определение, диагностические критерии, терапия» 2016/ Под редакцией Е. И. Кондратьевой, Н. Ю. Каширской, Н. И. Капранова — М.: ООО «Компания БОРГЕС»., 2016
10. Demidov G, Simakova T, Vnuchkova J, Bragin A. A statistical approach to detection of copy number variations in PCR-enriched targeted sequencing data. BMC Bioinformatics. 2016 Oct 22;17(1):429. doi: 10.1186/s12859−016−1272−6
11. Simakova, T., et al., Identification of a novel, CF-causing compound genotype (p.S1159P and p. Y569H) using an NGS-based assay, Gene (2015), dx.doi.org/10.1016/j.gene.2015.09.040
12. Симакова Т. С., Брагин А. Г., Зайцева М. А., Павлов А. Е. Роль высокопроизводительного секвенирования в неонатальном скрининге наследственных нарушений обмена веществ. Медицинская генетика. 2013- 2013. — Т. 9. — № 135. — С. 11−14.
5. Loginova M, Zakharova V, Pavlov A, Simakova T, Paramonov I. Identification of the novel HLA-C*02:151allele in Russian bone mar-row donors. HLA. 2019;93:124−125.https://doi.org/10.1111/tan.13 462
6. Национальный консенсус (2 -е издание) «Муковисцидоз: определение, диагностические критерии, терапия» 2018/ Под редакцией Е. И. Кондратьевой, Н. Ю. Каширской, Н. И. Капранова — М.: ООО «Компания БОРГЕС»., 2018
7. Логинова М. А., Павлов А. Е., Зайцева М. А., Симакова Т. С., Пильщикова Н. С., Парамонов И. В. Разработка и верификация тест-системы для высокопроизводительного HLA-генотипирования потенциальных доноров гемопоэтических стволовых клеток. Клиническая лабораторная диагностика. 2018; 63 (12): 788−792. DOI: dx.doi.org/10.18 821/0869−2084−2018−63−12- 788−792
8. Симакова Т. С., Брагин А. Г., Глушкова М. А., Петрова Н. В., Поляков А. В., Кондратьева Е. И., Шерман В. Д., Павлов А. Е. Опыт применения таргетного секвенирования для молекулярной диагностики муковисцидоза. Клиническая лабораторная диагностика. 2017; 62 (5): 305−309. DOI: dx.doi.org/10.18 821/0869−2084−2017−62−5-305−309
9. Национальный консенсус (1 -е издание) «Муковисцидоз: определение, диагностические критерии, терапия» 2016/ Под редакцией Е. И. Кондратьевой, Н. Ю. Каширской, Н. И. Капранова — М.: ООО «Компания БОРГЕС»., 2016
10. Demidov G, Simakova T, Vnuchkova J, Bragin A. A statistical approach to detection of copy number variations in PCR-enriched targeted sequencing data. BMC Bioinformatics. 2016 Oct 22;17(1):429. doi: 10.1186/s12859−016−1272−6
11. Simakova, T., et al., Identification of a novel, CF-causing compound genotype (p.S1159P and p. Y569H) using an NGS-based assay, Gene (2015), dx.doi.org/10.1016/j.gene.2015.09.040
12. Симакова Т. С., Брагин А. Г., Зайцева М. А., Павлов А. Е. Роль высокопроизводительного секвенирования в неонатальном скрининге наследственных нарушений обмена веществ. Медицинская генетика. 2013- 2013. — Т. 9. — № 135. — С. 11−14.