Подготовка NGS библиотек
Выделение ДНК и РНК
Кастомизированные NGS панели
Хранение и анализ данных
Наследственные заболевания
HLA-типирование
Медицинские изделия
Модульная подготовка библиотек
Наборы для выделения ДНК и РНК
Тест-системы для наследственных заболеваний
Тест-системы для HLA-типирования
Сервера для геномных данных
⠀⠀⠀⠀Мы разработали собственные алгоритмы подбора праймеров для эффективного покрытия регионов интереса минимальным числом ампликонов.
⠀⠀⠀⠀Сочетая панели праймеров с модулями Prep&Seq™, вы получаете готовый протокол для таргетного секвенирования.

Кастомизированные панели праймеров Prep&Seq™ U-panel

Ручная оптимизация для "сложных" регионов
Совместимость с платформами Illumina, Thermo Fisher Scientific и MGI
Собственные алгоритмы подбора, минимизирующие число ампликонов для целевых регионов
Валидация на стандартных полногеномных референсных образцах
Спецификация
Параметр
Значение
Аналит
ДНК
Референсный геном
hg19, hg38, пользовательский референс
Регионы интереса (ROI)
Кодирующие регионы (CDSs), сайты сплайсинга, точечные хотспоты, нетранслируемые области (UTRs)
Padding в интронные регионы
>= 5 п.н.
Длина ампликона
Короткие ампликоны до 140 п.н. (для сильно деградированных образцов)
Средние ампликоны до 175 п.н. (для деградированных образцов)
Длинные ампликоны до 300 п.н. (для нормальных образцов)
Любая длина по запросу пользователя
Число ампликонов
До 4000 в одном пуле
Число пулов
До 2
Тип анализируемых образцов
Кровь, лейкомасса, буккальный эпителий, сухие пятна крови, свежая ткань, FFPE блоки, циркулирующая ДНК (cfDNA) или любые другие
Тип анализируемых вариантов
Герминативные, соматические
Используемая платформа
Illumina, Thermo Fisher Scientific, MGI
Режим секвенирования
Парноконцевые (PE), одноконцевые прочтения (SE)
Рекомендуемая длина прочтений
Не менее длины ампликона для избегания эффекта strand bias
ПО для анализа данных
Собственное ПО пользователя, VariFind™ Software для поиска герминативных вариантов в геноме человека
Идентификация контаминации, пола, определения родства
Включение BIDs - биологических идентификаторов для образцов человека
Валидация in vitro
На стандартных референсных образцах или образцах пользователя
Учитываемые при дизайне базы данных
Учет вариантов из баз данных для избегания посадки праймеров dbSNP и COSMIC (только для соматических вариантов)
Опции
Учет хотспотов, возможность добавления праймеров в уже имеющиеся у пользователя панели
Модификация праймеров
Дезоксиуридин
Совместимая пробоподготовка
Базовый модуль Prep&Seq™ U-target DNA,
Набор реагентов Prep&Seq™ U-target IL library kit,
Набор Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0,
Набор Ion AmpliSeq™ Library Kit Plus,
Набор AmpliSeq™ Library PLUS for Illumina
Примеры реализованных панелей
⠀⠀⠀⠀Координаты 530 однонуклеотидных полиморфизмов (SNP)​. Целевая длина ампликонов:​ 125 – 175 п.н. для работы с деградированными образцами ДНК растительного происхождения.
Техническое задание №1
Дизайн
Число ампликонов​
524​
Покрытие регионов интереса​
98,87%​
Диапазон длин ампликонов​, п.н.
125 - 175​
Средняя длина ампликона​, п.н.
163
Размер покрытого дизайном региона, п.н.​
57 973​
⠀⠀⠀⠀Координаты 530 однонуклеотидных полиморфизмов (SNP)​. Целевая длина ампликонов:​ 125 – 175 п.н. для работы с деградированными образцами ДНК растительного происхождения.
Техническое задание №1
Дизайн
Число ампликонов​
524​
Покрытие регионов интереса​
98,87%​
Диапазон длин ампликонов​, п.н.
125 - 175​
Средняя длина ампликона​, п.н.
163
Размер покрытого дизайном региона, п.н.​
57 973​
⠀⠀⠀⠀Все кодирующие регионы двух генов, padding 5 п.н. Целевая длина ампликонов:​ 125 – 175 п.н. для работы с ДНК выделенной из тканей, фиксированных формалином и заключенных в парафин (FFPE). ​ Референсный геном hg38.
Техническое задание №2
Дизайн
Число ампликонов​
203
Покрытие регионов интереса​
100%​
Диапазон длин ампликонов​, п.н.
127 - 190​
Средняя длина ампликона​, п.н.
169
Размер покрытого дизайном региона, п.н.​
19 866​
⠀⠀⠀⠀Кодирующие последовательности (CDSs), промоторы ( -250 п.н. от первого кодирующего экзона) и сайты сплайсинга (20 п.н. вглубь интронов) 4 генов. Максимальная длина ампликона: 325 п.н для работы с ДНК выделенной из лейкомассы. Референсный геном hg19
Техническое задание №3
Дизайн
Число ампликонов​
147
Покрытие регионов интереса​
100%​
Диапазон длин ампликонов​, п.н.
162 - 324​
Средняя длина ампликона​, п.н.
262
Размер покрытого дизайном региона, п.н.​
34 479​
⠀⠀⠀⠀Все кодирующие регионы 67 генов, padding 20 п.н. Максимальная длина ампликона после отрезания праймеров - 200 п.н.​ Референсный геном hg38.
Техническое задание №4
Дизайн
Число ампликонов​
1472
Покрытие регионов интереса​
>99,9%​
Диапазон длин ампликонов​, п.н.
125 – 224
Средняя длина ампликона​, п.н.
206,1
Размер покрытого дизайном региона, п.н.​
211 833​
⠀⠀⠀⠀Все кодирующие регионы 67 генов, padding 20 п.н. Максимальная длина ампликона после отрезания праймеров - 200 п.н.​ Референсный геном hg38.
Техническое задание №4
Дизайн
Число ампликонов​
1472
Покрытие регионов интереса​
>99,9%​
Диапазон длин ампликонов​, п.н.
125 – 224
Средняя длина ампликона​, п.н.
206
Размер покрытого дизайном региона, п.н.​
211 833​
Часто задаваемые вопросы FAQ
Какая программа используется для подбора праймеров?
Мы используем собственную разработку – программное обеспечение TOR. Сейчас оно доступно только для внутреннего использования, но мы активно работаем над пользовательским интерфейсом.
Кто производит панели праймеров?
Мы сами, все панели производятся в Санкт-Петербурге.
Какие данные нужны для дизайна?
Для запуска дизайна нам нужна информация по желаемым характеристикам панели и целевым регионам в виде BED файла, списка транскриптов или генов. Чтобы отправить заявку, пожалуйста, заполните форму
Что такое padding?
Padding – диапазон/расстояние в нуклеотидах от границы экзона вглубь интрона. Указание padding при дизайне панели позволяет покрыть варианты в сайтах сплайсинга. Обычно значимыми являются от двух до пяти нуклеотидов интрона от границы с экзоном. 
Как понять, какая длина ампликона мне нужна?
Обратите внимание на степень фрагментированности входной нуклеиновой кислоты. Деградированные образцы имеют ограниченное количество длинных фрагментов для амплификации. К деградированным можно отнести образцы, выделенные из FFPE, циркулирующую ДНК или, например, выделенные из останков.

Что такое BIDs - биологические идентификаторы и зачем их включать в панель?
BID – это дополнительные ампликоны на высокополиморфные регионы в геноме человека. У каждого человека уникальный гаплотип по биологическим идентификаторам. По BID проводят контроль качества каждого образца в постановке, выявляя контаминацию, родство на уровне родитель-ребенок, идентичные образцы с различным идентификатором, пол образца. Данные ампликоны могут быть опционально включены в состав любой панели.
Зачем учитывать хотспоты при дизайне?
Как правило под хотспотами понимаются клинически-значимые варианты, в более широком смысле - любые варианты интереса. Хотспоты учитываются при дизайне для того, чтобы понять покрываются ли хотспоты созданным дизайном панели; убедиться, что они не находятся на краях ампликонов (в краевых позициях иногда возникают ошибки секвенирования); определить не попадают ли хотспоты в сложные для секвенирования регионы (гомополимеры, повторы, регионы с высокой степенью гомологии). В случае, если хотспоты попадают в такие регионы, в дизайн могут быть внесены различные модификации для улучшения генотипирования в сложных регионах.
Проводится ли проверка работоспособности подобранных праймеров?
Да, каждая разработанная панель проходит in vitro валидацию на международных полногеномных референсных образцах для человека или образцах пользователя для других видов.
Связанные продукты