Диагностика и скрининг носительства муковисцидоза
Тест-системы для HLA-типирования
Тест-системы для онкологии
Наборы для выделения ДНК и РНК
Модульная подготовка библиотек
Мы разработали собственные алгоритмы подбора праймеров для эффективного покрытия регионов интереса минимальным числом ампликонов.
Prep&Seq™ U-panel
Кастомизированные панели праймеров
Сочетая панели праймеров с модулями Prep&Seq™, вы получаете готовый протокол для таргетного секвенирования.
Tilda Publishing
Основные параметры
Ручная оптимизация для "сложных" регионов
Совместимость с платформами Illumina, GeneMind Biosciences, Thermo Fisher Scientific и MGI.
Собственные алгоритмы подбора, минимизирующие число ампликонов для целевых регионов
Валидация на стандартных полногеномных референсных образцах
Спецификация
Параметр
Значение
Аналит
ДНК
Референсный геном
hg38, пользовательский референс
Регионы интереса (ROI)
Кодирующие регионы (CDSs), сайты сплайсинга, точечные хотспоты, нетранслируемые области (UTRs)
Padding в интронные регионы
>= 5 п.н.
Длина ампликона
Короткие ампликоны до 140 п.н. (для сильно деградированных образцов)
Средние ампликоны до 175 п.н. (для деградированных образцов)
Длинные ампликоны до 300 п.н. (для нормальных образцов)
Любая длина по запросу пользователя
Средние ампликоны до 175 п.н. (для деградированных образцов)
Длинные ампликоны до 300 п.н. (для нормальных образцов)
Любая длина по запросу пользователя
Число ампликонов
До 4000 в одном пуле
Число пулов
До 2
Тип анализируемых образцов
Кровь, лейкомасса, буккальный эпителий, сухие пятна крови, свежая ткань, FFPE блоки, циркулирующая ДНК (cfDNA) или любые другие
Тип анализируемых вариантов
Герминативные, соматические
Используемая платформа
Illumina, Thermo Fisher Scientific, MGI, GeneMind Biosciences
Режим секвенирования
Парноконцевые (PE), одноконцевые прочтения (SE)
Рекомендуемая длина прочтений
Не менее длины ампликона для избегания эффекта strand bias
ПО для анализа данных
Seq&Go Software
Идентификация контаминации, пола, определения родства
Включение BIDs - биологических идентификаторов для образцов человека
Валидация in vitro
На стандартных референсных образцах или образцах пользователя
Учитываемые при дизайне базы данных
Учет вариантов из баз данных для избегания посадки праймеров dbSNP и COSMIC (только для соматических вариантов)
Опции
Учет хотспотов, возможность добавления праймеров в уже имеющиеся у пользователя панели
Модификация праймеров
Дезоксиуридин
Совместимая пробоподготовка
Примеры реализованных панелей
Координаты 530 однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Целевая длина ампликонов: 125 — 175 п.н. для работы с деградированными образцами ДНК растительного происхождения.
Техническое задание №1
Дизайн
Число ампликонов
524
Покрытие регионов интереса
98,87%
Диапазон длин ампликонов, п.н.
125 - 175
Средняя длина ампликона, п.н.
163
Размер покрытого дизайном региона, п.н.
57 973
Координаты 530 однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Целевая длина ампликонов: 125 — 175 п.н. для работы с деградированными образцами ДНК растительного происхождения.
Техническое задание №1
Дизайн
Число ампликонов
524
Покрытие регионов интереса
98,87%
Диапазон длин ампликонов, п.н.
125 - 175
Средняя длина ампликона, п.н.
163
Размер покрытого дизайном региона, п.н.
57 973
Все кодирующие регионы двух генов, padding 5 п.н. Целевая длина
ампликонов: 125 — 175 п.н. для работы с ДНК выделенной из тканей, фиксированных формалином и заключенных в парафин (FFPE). Референсный геном hg38.
ампликонов: 125 — 175 п.н. для работы с ДНК выделенной из тканей, фиксированных формалином и заключенных в парафин (FFPE). Референсный геном hg38.
Техническое задание №2
Дизайн
Число ампликонов
203
Покрытие регионов интереса
100%
Диапазон длин ампликонов, п.н.
127 - 190
Средняя длина ампликона, п.н.
169
Размер покрытого дизайном региона, п.н.
19 866
Кодирующие последовательности (CDSs), промоторы (-250 п.н. от первого кодирующего экзона) и сайты сплайсинга (20 п.н. вглубь интронов) 4 генов. Максимальная длина ампликона: 325 п. н для работы с ДНК выделенной из лейкомассы. Референсный геном hg19
Техническое задание №3
Дизайн
Число ампликонов
147
Покрытие регионов интереса
100%
Диапазон длин ампликонов, п.н.
162 - 324
Средняя длина ампликона, п.н.
262
Размер покрытого дизайном региона, п.н.
34 479
Все кодирующие регионы 67 генов, padding 20 п.н. Максимальная длина ампликона после отрезания праймеров — 200 п.н. Референсный геном hg38.
Техническое задание №4
Дизайн
Число ампликонов
1472
Покрытие регионов интереса
>99,9%
Диапазон длин ампликонов, п.н.
125 – 224
Средняя длина ампликона, п.н.
206,1
Размер покрытого дизайном региона, п.н.
211 833
Все кодирующие регионы 67 генов, padding 20 п.н. Максимальная длина ампликона после отрезания праймеров — 200 п.н. Референсный геном hg38.
Техническое задание №4
Дизайн
Число ампликонов
1472
Покрытие регионов интереса
>99,9%
Диапазон длин ампликонов, п.н.
125 – 224
Средняя длина ампликона, п.н.
206
Размер покрытого дизайном региона, п.н.
211 833
Часто задаваемые вопросы FAQ
Мы используем собственную разработку – программное обеспечение TOR. Сейчас оно доступно только для внутреннего использования, но мы активно работаем над пользовательским интерфейсом.
Мы сами, все панели производятся в Санкт-Петербурге.
Для запуска дизайна нам нужна информация по желаемым характеристикам панели и целевым регионам в виде BED файла, списка транскриптов или генов. Чтобы отправить заявку, пожалуйста, заполните форму
Padding – диапазон/расстояние в нуклеотидах от границы экзона вглубь интрона. Указание padding при дизайне панели позволяет покрыть варианты в сайтах сплайсинга. Обычно значимыми являются от двух до пяти нуклеотидов интрона от границы с экзоном.
Обратите внимание на степень фрагментированности входной нуклеиновой кислоты. Деградированные образцы имеют ограниченное количество длинных фрагментов для амплификации. К деградированным можно отнести образцы, выделенные из FFPE, циркулирующую ДНК или, например, выделенные из останков.
BID – это дополнительные ампликоны на высокополиморфные регионы в геноме человека. У каждого человека уникальный гаплотип по биологическим идентификаторам. По BID проводят контроль качества каждого образца в постановке, выявляя контаминацию, родство на уровне родитель-ребенок, идентичные образцы с различным идентификатором, пол образца. Данные ампликоны могут быть опционально включены в состав любой панели.
Как правило под хотспотами понимаются клинически-значимые варианты, в более широком смысле - любые варианты интереса. Хотспоты учитываются при дизайне для того, чтобы понять покрываются ли хотспоты созданным дизайном панели; убедиться, что они не находятся на краях ампликонов (в краевых позициях иногда возникают ошибки секвенирования); определить не попадают ли хотспоты в сложные для секвенирования регионы (гомополимеры, повторы, регионы с высокой степенью гомологии). В случае, если хотспоты попадают в такие регионы, в дизайн могут быть внесены различные модификации для улучшения генотипирования в сложных регионах.
Да, каждая разработанная панель проходит in vitro валидацию на международных полногеномных референсных образцах для человека или образцах пользователя для других видов.
MSI (микросателлитная нестабильность) – следствие нарушения работы системы репарации неправильно спаренных нуклеотидов, которое проявляется в виде изменения длины коротких олигонуклеотидных повторов. Для определения статуса MSI в анализ включаются 5 дополнительных ампликонов на мононуклеотидные маркеры, рекомендованные NCI: BAT-25, BAT-26, NR21, NR24, MONO27.
Определение показателя MSI используется в процессе диагностики рака толстого кишечника, а также для назначения химиотерапевтического лечения при злокачественных опухолях.
Определение показателя MSI используется в процессе диагностики рака толстого кишечника, а также для назначения химиотерапевтического лечения при злокачественных опухолях.
Гомологичные ампликоны – ампликоны, покрывающие регионы генома с высокой степенью схожести нуклеотидных последовательностей.
При анализе данных в ПО Seq&Go Software прочтения, полученные с таких регионов, будут неоднозначно картированы на геном и отфильтрованы.
Анализ гомологичных регионов в ПО Seq&Go Software невозможен.
При анализе данных в ПО Seq&Go Software прочтения, полученные с таких регионов, будут неоднозначно картированы на геном и отфильтрованы.
Анализ гомологичных регионов в ПО Seq&Go Software невозможен.
Связанные продукты