Мы разработали собственные алгоритмы подбора праймеров для эффективного покрытия регионов интереса минимальным числом ампликонов.

Prep&Seq™ U-panel

СКАЧАТЬ БРОШЮРУ

Сочетая панели праймеров с модулями Prep&Seq™, вы получаете готовый протокол для таргетного секвенирования.

Заявка на дизайн NGS панели

Содержит панель праймеров и доступ к программному обеспечению Seq&Go Software для анализа данных.

Кастомизированные панели праймеров

Tilda Publishing

Основные параметры

Ручная оптимизация для "сложных" регионов

Совместимость с платформами Illumina, GeneMind Biosciences, Thermo Fisher Scientific и MGI.

Собственные алгоритмы подбора, минимизирующие число ампликонов для целевых регионов

Валидация на стандартных полногеномных референсных образцах

Спецификация

Параметр

Значение

Аналит

ДНК

Референсный геном

hg38, пользовательский референс

Регионы интереса (ROI)

Кодирующие регионы (CDSs), сайты сплайсинга, точечные хотспоты, нетранслируемые области (UTRs)

Padding в интронные регионы

>= 5 п.н.

Длина ампликона

Короткие ампликоны до 140 п.н. (для сильно деградированных образцов)
Средние ампликоны до 175 п.н. (для деградированных образцов)
Длинные ампликоны до 300 п.н. (для нормальных образцов)
Любая длина по запросу пользователя

Число ампликонов

До 4000 в одном пуле

Число пулов

До 2

Тип анализируемых образцов

Кровь, лейкомасса, буккальный эпителий, сухие пятна крови, свежая ткань, FFPE блоки, циркулирующая ДНК (cfDNA) или любые другие

Тип анализируемых вариантов

Герминативные, соматические

Используемая платформа

Illumina, Thermo Fisher Scientific, MGI, GeneMind Biosciences

Режим секвенирования

Парноконцевые (PE), одноконцевые прочтения (SE)

Рекомендуемая длина прочтений

Не менее длины ампликона для избегания эффекта strand bias

ПО для анализа данных

Seq&Go Software

Идентификация контаминации, пола, определения родства

Включение BIDs - биологических идентификаторов для образцов человека

Валидация in vitro

На стандартных референсных образцах или образцах пользователя

Учитываемые при дизайне базы данных

Учет вариантов из баз данных для избегания посадки праймеров dbSNP и COSMIC (только для соматических вариантов)

Опции

Учет хотспотов, возможность добавления праймеров в уже имеющиеся у пользователя панели

Модификация праймеров

Дезоксиуридин

Совместимая пробоподготовка

Базовый модуль Prep&Seq™ U-target DNA,
Набор реагентов Prep&Seq™ U-target IL library kit,

Примеры реализованных панелей

Координаты 530 однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Целевая длина ампликонов: 125 — 175 п.н. для работы с деградированными образцами ДНК растительного происхождения.

Техническое задание №1

Дизайн

Число ампликонов

524

Покрытие регионов интереса

98,87%

Диапазон длин ампликонов, п.н.

125 - 175

Средняя длина ампликона, п.н.

163

Размер покрытого дизайном региона, п.н.

57 973

Координаты 530 однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Целевая длина ампликонов: 125 — 175 п.н. для работы с деградированными образцами ДНК растительного происхождения.

Техническое задание №1

Дизайн

Число ампликонов

524

Покрытие регионов интереса

98,87%

Диапазон длин ампликонов, п.н.

125 - 175

Средняя длина ампликона, п.н.

163

Размер покрытого дизайном региона, п.н.

57 973

Все кодирующие регионы двух генов, padding 5 п.н. Целевая длина
ампликонов: 125 — 175 п.н. для работы с ДНК выделенной из тканей, фиксированных формалином и заключенных в парафин (FFPE). Референсный геном hg38.

Техническое задание №2

Дизайн

Число ампликонов

203

Покрытие регионов интереса

100%

Диапазон длин ампликонов, п.н.

127 - 190

Средняя длина ампликона, п.н.

169

Размер покрытого дизайном региона, п.н.

19 866

Кодирующие последовательности (CDSs), промоторы (-250 п.н. от первого кодирующего экзона) и сайты сплайсинга (20 п.н. вглубь интронов) 4 генов. Максимальная длина ампликона: 325 п. н для работы с ДНК выделенной из лейкомассы. Референсный геном hg19

Техническое задание №3